De acuerdo a la discusión de los participantes la SMCEE se creó con el objetivo de abrir un campo de discusión sobre el desarrollo teórico y metodológico de la economía ecológica, promover la investigación científica multidisciplinaria, interdisciplinaria y transdisciplinaria para la integración de la economía ecológica y apoyar las actividades académicas que se lleven a cabo en relación a la temática en la región.

En esta rama de la ISEE, prevalece una discusión de temas como la justicia social y del aporte humano al ambiente. Principalmente, existe un enfoque de estudiar los conflictos ecológico-distributivos.

A partir de la segunda reunión bianual de la Sociedad Internacional de Economía Ecológica en San José, Costa Rica, varios profesionales de la región se interesaron en crear una rama de dicha organización en sus países para responder ante los conflictos socio-ambientales relacionados con las políticas basadas en la economía convencional.

Como pensamiento alternativo en esta región, la SMCEE no considera a la valoración monetaria de los servicios ecosistémicos, ni las normas económicas como soluciones efectivas para estos conflictos socio-ambientales.​ En cambio, una alternativa basada en la conservación por parte de la comunidad y en la gestión de la sostenibilidad son más dialogados por la región mesoamericana. En este sentido se favorecen los procesos de decisión que utilizan valoraciones integrales o multidimensionales como los métodos multicriteriales. Agregando esta perspectiva, se terminan considerando los tres pilares del desarrollo sostenible: el social, ambiental y económico.

Es hasta el 2008, sin embargo, que el impulso de la FLACSO en Guatemala, el Centro Internacional de Política Económica de la Universidad Nacional de Costa Rica y la Universidad Autónoma Metropolitana de México logró concretar las Jornadas de Economía Ecológica realizadas el 26 y 27 de mayo de 2008 en la Ciudad de Guatemala junto a la participación de entusiastas jóvenes, estudiantes y 50 profesionales de la región.

De acuerdo a la discusión de los participantes, la SCMEE se creó con el objetivo de abrir un campo de discusión sobre el desarrollo teórico y metodológico de la economía ecológica, promover la investigación científica multidisciplinaria, interdisciplinaria y transdisciplinaria para la integración de la economía ecológica y apoyar las actividades académicas que se lleven a cabo en relación con la temática en la región.